在临床实践中，孙思邈总结出了许多宝贵的经验，如“阿是穴”和“以痛为腧”的取穴法，用动物的肝脏治疗夜盲症，用羊的甲状腺治疗地方性甲状腺肿，用牛乳、豆类、谷皮等防治脚气病；对于孕妇，提出住处要清洁安静，心情要保持舒畅，临产时不要紧张；对于婴儿，提出喂奶要定时定量，平时要多见风日，衣服不可穿得过多……这些主张，在今天看来，仍然有其一定的现实意义 。
孙思邈崇尚养生，并身体力行，正由于他通晓养生之术，才能年过百岁而视听不衰 。他将儒家、道家以及外来古印度佛家的养生思想与中医学的养生理论相结合，提出的许多切实可行的养生方法，时至今日，还在指导着人们的日常生活，如心态要保持平衡，不要一味追求名利；饮食应有所节制，不要过于暴饮暴食；气血应注意流通，不要懒惰呆滞不动；生活要起居有常，不要违反自然规律 。
孙思邈又是世界上导尿术的发明者 。据记载：有一个病人得了尿潴留病，撒不出尿来 。孙思邈看到病人憋得难受的样子，他想：“吃药来不及了 。如果想办法用根管子插进尿道，尿或许会流出来 。”他看见邻居的孩子拿一根葱管在吹着玩儿，葱管尖尖的，又细又软，孙思邈决定用葱管来试一试，于是他挑选出一根适宜的葱管，在火上轻轻烧了烧，切去尖的一头，然后小心翼翼地插进病人的尿道里，再用力一吹，不一会儿尿果然顺着葱管流了出来 。病人的小肚子慢慢瘪了下去，病也就好了 。
孙思邈在他的《丹经》一书中，第一次把火药的配方记录下来 。
临床应用
孙思邈积一生医学经验，著成《备急千金要方》和《千金翼方》，较全面地总结了自上古至唐代的医疗经验和药物学知识，丰富了我国医学内容 。他的医学思想和学术成就主要反映在九个方面 。
第一、发展了张仲景的伤寒论学说，改六经辩证为按方剂主治及临床表现相结合的分类诊断方法，使理论更切合实际 。
第二、集唐以前医方之大成，收载医方6500多个，无论是经方、古方、俗说单方均系统整理，大多注以出处 。
第三、诊断学上把对疾病的认识提高到一个新水平，突出反映在消渴、霍乱、附骨疽、恶疾大风、雀目、瘿瘤等病的描述和治疗上 。
第四、治疗学上创用了新的医疗技术 。如下颌关节脱臼手法整复术、葱叶导尿术、食管异物剔除术、自家血脓接种以防治疖病等 。
第五、在药物学上，重视地道药材以及药物的种植采集、炮制和贮藏，并在药物七品分类基础上按药物功用分为65章，以总摄众病，便于医生处方用药 。
第六、重视妇幼保健，强调妇幼设立专科的意义，为小儿、妇产建立专科创立了条件 。
第七、丰富了养生长寿理论，讲求卫生，反对服石，提倡吐故纳新，动静结合，并辅以食治、劳动，使养生学和老年病防治相结合 。
第八、在针灸方面绘制彩色三人明堂图，创孔穴主对法，提倡阿是穴及同身寸法，对针灸发展有促进作用 。
第九、在炼丹生涯中，记录了硫黄伏火法，是我国早期火药配方，在火药发明上有突出贡献 。
轶事典故
悬丝诊脉
??唐贞观年间，太宗李世民的长孙皇后怀孕已十多个月不能分娩，反而患了重病，卧床不起 。虽经不少太医医治，但病情一直不见好转 。太宗每日愁锁眉头，坐卧不宁 。
??有一日，唐太宗理完朝政以后，留大臣徐茂功问道:“皇后身患重病，经太医不断诊治，百药全无效果 。卿可知哪里有名医?请来为她继续治疗才是!”徐茂功闻言，便将孙思邈推荐给太宗说道:“臣早听说华原县(今耀县)有位民间医生孙思邈，常到各地采药为群众治病，对妇儿科尤其擅长 。疑难之症一经他手，都能够妙手回春，药到病除 。以臣之见，还是将他召进宫来，为皇后治疗才好!”

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