后世医家在使用补中益气汤时也多加减及合方使用，但灵活性远不及李东垣 。具有代表性的加减有补中益气汤加茯苓、半夏，和补中益气汤合六味地黄丸，读《薛氏医案》和《寿世保元》随处可见 。
脾胃不足，痰湿易滞，理应加茯苓、半夏；补中益气汤治“元气脾胃之虚”，六味地黄丸治“肾水真阴之弱”，“二方兼而济之，乃王道平和之剂”，合用似极为高明 。但从李东垣“立方本指”去认识，则茯苓、半夏沉降有余，六味地黄丸降入下焦，皆不利于“升其阳” 。可见，不解东垣本意，随意加减极易“动手便错” 。
误用极易坏事，于是后世医家提到了补中益气汤的禁忌症 。如张景岳说：“元气虚极者，不可泄；阴阳下竭者，不可升 。”柯琴说：“惟不宜于肾，阴虚于下者不宜升，阳虚于下者更不宜升也 。”这些论述对后学者的临证是极其有用的 。但从李东垣“立方本指”看来，这只是低层次的、形式上的认识 。
实际上，内伤脾胃病证中，肾虚完全是可以用补中益气汤加减治疗的，只是用药时需斟酌升降浮沉 。
2.补中益气汤是如何体现甘温除热的
中医认为机体阴阳失调时，阳盛则热，阴盛则寒；阳虚则寒，阴虚则热 。这是说明阴阳与寒热之间相互关系的一个普遍适用理论原则，治疗上当用“寒者热之 。热者寒之”之法 。但亦有气虚发热、阳虚发热之说，实热可泻，虚热宜补 。此因虚致热 。需用甘温之品治其气虚、阳虚之本而达到除其标热 。此法即为甘温除热法 。补中益气汤为“甘温除大热”之代表方剂 。
“甘温除大热”是用甘温之剂治疗发热的一种方法 。甘温之剂治疗发热主要指“气虚发热”和或“阳虚发热”，其代表方为补中益气汤 。
甘温除热法由金元名医李杲最早创立，其受<素问·调经论篇>“阴虚生内热，有所劳倦，形气衰少，谷气不盛，上焦不行，下脘不通，胃气热，热气熏胸中，故内热”，<素问·至真要大论篇>“劳者温之”，“损者益之”等启发，并结合自己的临床实践，在<脾胃论)中首次提出 。
补中益气汤由黄芪、党参、白术、当归、陈皮、升麻、柴胡组成，方中用药以甘温之品为主，具有甘温益气退热之效，故谓本方为“甘温除大热”的代表方剂 。本方所治之热乃属低热，此类发热历代医家对其病机见解不一，大概分为以下几种：
1)脾阳虚弱，气血虚损而发热 。《脾胃论》日：“饮食不节则胃病，胃病则气短精神少而生大热 。形体劳役则脾病，脾病则怠惰嗜卧，四肢不收，大便泄泻” 。认为是饮食劳役，损伤脾胃，气血化源不足，至气血虚损而发热 。
2)中气下陷而发热 。柯韵伯曰：“惟东垣知其为劳倦伤脾，谷气不盛，阳气下陷阴中而发热，制补中益气之法 。”
3)素体阳虚，感受外邪而发热 。张景岳日：“补中益气汤，允为东垣独得之心法，本方以升柴助升气，以参术归芪助阳气，此意诚尽善矣 。然补阳之义亦有宜否，如治劳倦内伤发热为助阳也，非发汗也，然有不散而散之意，故于劳倦感寒或阳虚痃疟及脾气下陷等证最宜 。若全无表邪寒热而中气亏甚者，则升柴大非所宜 。盖升柴之昧兼苦寒，升柴之性兼疏散，唯有邪者，可升而散之 。
无邪大虚者，即纯用培补，犹恐不及，再兼疏散，安望成功 。
4)劳役伤气，气不内敛而发热 。蒲辅周根据《内经》“劳则气耗”、“阳气者，烦劳则张”的理论，认为是劳役过甚，元气虚馁，气不内敛，浮越于外而致的发热 。
5)中阳外越而发热 。认为中焦虚寒，阳气浮越于外所致 。